Майбутній заслужений лікар народився на Харківщині. Після закінчення Рокитянської середньої школи поступив до Харківського медичного інституту, після чого був направлений на роботу на Донбас. Працював дитячим хірургом у Комунарській міській лікарні (нині - Алчевськ Луганської області).
Після закінчення клінічної ординатури Пелипенко повернувся до міської лікарні міста Комунарськ, де працював завідувачем травматологічного відділення до 1970 року. Був переведений до 1-ї міської клінічної лікарні міста Полтави завідувачем травматологічного відділення та міським травматологом.
За невтомну багаторічну працю у 1993 році удостоєний високого звання "Заслужений лікар України". У жовтні 1986 року був вибраний за конкурсом асистентом, а в 1987 році — доцентом кафедри травматології, ортопедії і ВПХ Полтавського медичного стоматологічного інституту. Останні роки творчої діяльності Василь Пелипенко спрямував на впровадження в клінічну практику ендопротезування в разі травм і захворювань кульшового суглоба. Першим у регіоні він упровадив однополюсне і тотальне ендопротезування цих суглобів.
Спільно з колегами видавав посібники для студентів, є автором багатьох наукових робіт та статей.
Помер Василь Пелипенко від ускладнень, викликаних коронавірусною інфекцією.
